1985年，原盐城工业专科学校成立综合档案室；1996年，原盐城工业专科学校和原盐城职业大学合并成立盐城工学院，两校档案室合并为盐城工学院综合档案室；2000年，原盐城会计学校并入盐城工学院，其档案归入盐城工学院综合档案室；2008年，成立盐城工学院档案馆。档案馆现有专职人员7人，其中硕士研究生3人，高级职称3人，管理着盐城工学院、原盐城工业专科学校、原盐城职业大学、原盐城会计学校4个全宗。

盐城工学院档案馆是学校档案保管、利用中心和档案业务指导、监督机构，系全省高校档案学会理事单位和盐城市档案学会常务理事单位。学校是“全国干部人事档案工作目标管理一级单位”、“江苏省档案工作优秀集体”、“江苏省高校档案工作先进集体”，全省高校和盐城市区第一家“档案工作五星级单位”，先后20多次荣获“盐城市档案工作先进集体”。

学校高度重视档案工作，将档案工作纳入学校发展规划和工作计划，纳入学校管理规章制度，纳入领导岗位职责。档案馆不断加强档案工作制度建设，规范档案工作业务，加强档案收集整理、保管利用工作，在全省高校率先开展档案数字化和信息化建设，建成与校园网连接的、校内部门可按设置权限使用的档案局域网，具有收集、整理、编目、统计、借阅、全文管理等功能。目前，档案馆计算机管理的综合档案案卷和文件30万卷（件），数字化加工形成的影像18万卷（件），折合为A4纸120万页。2010年1月，全省高校档案工作执法检查组来校检查认为，盐城工学院档案工作领导重视、组织严密、资料详尽、人员专业、工作出色、成绩显著，学校档案工作处于全省高校领先地位。2014年5月，省档案局副巡视员欧阳旭明一行6人来我馆检查指导工作，充分肯定学校档案管理工作在服务社会、服务学校中心、服务师生，档案资源建设，档案信息化建设，档案编研等方面取得的成绩，希望学校进一步贯彻、落实《关于加强和改进新形势下档案工作的意见》，切实做好新时期高校档案工作。

近年来，档案馆人员发表专业论文20多篇，先后主编盐城工学院年鉴、大事记、办学资源基本数据表、全宗指南和参编校史、规章制度汇编等近20种档案资料。荣获“江苏省档案编研成果三等奖”1次，3人荣获“江苏省档案工作创建突出贡献奖”，1人获江苏省高校档案工作先进个人，1人获盐城市档案工作先进个人，2人被盐城市委、市政府表彰为“年鉴工作先进个人”。